II kategooriasse kuuluvad väga piiratud alal või vähestes elupaikades esinevad liigid, kes ohutegurite jätkumisel võivad sattuda hävimisohtu.
II kategooriasse on arvatud 267 liiki, nendest sõnajalgtaimi 6, paljasseemnetaimi 1, katteseemnetaimi 119, sammaltaimi 25, seeni 27, samblikke 32, selgrootuid loomi 6 ja selgroogseid loomi 51 liiki.
II kaitsekategooria liikide vähemalt 50% teadaolevatest ja keskkonnaregistrisse kantud elupaikadest või kasvukohtadest võetakse kaitse alla.
(1) II kaitsekategooria sõnajalgtaimed (Pteridophyta) on:
| 1) müür-raunjalg | Asplenium ruta-muraria; |
2) pruun raunjalg | Asplenium trichomanes; |
3) vitsosi | Equisetum x moorei; |
4) alssosi | Equisetum scirpoides; |
4¹) järv-lahnarohi | Isoetes lacustris; |
| [RT I, 18.06.2014, 18 - jõust. 21.06.2014] |
5) koldjas selaginell | Selaginella selaginoides. |
(2) II kaitsekategooria paljasseemnetaim (Gymnospermae) on harilik jugapuu (Taxus baccata).
(3) II kaitsekategooria katteseemnetaimed (Angiospermae) on:
| 1) püramiid-akakapsas | Ajuga pyramidalis; |
1¹) karvane maarjalepp | Agrimonia pilosa; |
| [RT I, 18.06.2014, 18 - jõust. 21.06.2014] |
2) roomav akakapsas | Ajuga reptans; |
3) väike konnarohi | Alisma gramineum; |
4) nurmlauk | Allium vineale; |
5) Gmelini kilbirohi | Alyssum montanum subsp. Gmelinii; |
6) püramiid-koerakäpp | Anacamptis pyramidalis; |
6¹) emaputk | Angelica palustris; |
| [RT I, 18.06.2014, 18 - jõust. 21.06.2014] |
7) salutakjas | Arctium nemorosum; |
8) palu-liivkann | Arenaria procera; |
9) meripuju | Artemisia maritima; |
10) oja-haneputk | Berula erecta; |
11) kiirjas ruse | Bidens radiata; |
12) kummeli-võtmehein | Botrychium multifidum; |
13) varju-püsikluste | Bromus benekenii; |
14) peen jänesekõrv | Bupleurum tenuissimum; |
15) turvastarn | Carex heleonastes; |
16) sagristarn | Carex irrigua; |
17) randtarn | Carex extensa; |
18) klibutarn | Carex glareosa; |
19) gallia tarn | Carex ligerica; |
20) põhjatarn | Carex mackenziei; |
21) jalgtarn | Carex rhizina; |
22) nokktarn | Carex rhyncophysa; |
23) õrn tarn | Carex disperma; |
24) valge tolmpea | Cephalanthera longifolia; |
25) punane tolmpea | Cephalanthera rubra; |
26) madal kadakkaer | Cerastium pumilum; |
27) [kehtetu - RT I, 18.06.2014, 18 - jõust. 21.06.2014] |
28) uimastav varesputk | Chaerophyllum temulum; |
29) laialehine nestik | Cinna latifolia; |
30) pori-nõiakold | Circaea lutetiana; |
31) taani merisalat | Cochlearia danica; |
32) kõdu-koralljuur | Corallorhiza trifida; |
33) vahelmine lõokannus | Corydalis intermedia; |
33¹) pehme koeratubakas | Crepis mollis; |
| [RT I, 18.06.2014, 18 - jõust. 21.06.2014] |
34) kevad-ristmadar | Cruciata glabra; |
35) pruun lõikhein | Cyperus fuscus; |
36) kaunis kuldking | Cypripedium calceolus; |
37) täpiline sõrmkäpp | Dactylorhiza cruenta; |
37¹) saaremaa sõrmkäpp | Dactylorhiza osiliensis; |
| [RT I, 18.06.2014, 18 - jõust. 21.06.2014] |
38) Russowi sõrmkäpp | Dactylorhiza russowii; |
38¹) nõmmnelk | Dianthus arenarius; |
| [RT I, 18.06.2014, 18 - jõust. 21.06.2014] |
39) aasnelk | Dianthus superbus; |
40) sile tondipea | Dracocephalum ruyschiana; |
41) mõru vesipipar | Elatine hydropiper; |
42) rand-orashein | Elytrigia junceiformis; |
43) sale villpea | Eriophorum gracile; |
44) rand-ogaputk | Eryngium maritimum; |
45) mets-aruhein | Festuca altissima; |
46) sinine emajuur | Gentiana pneumonanthe; |
47) kivi-kurereha | Geranium columbinum; |
48) läikiv kurereha | Geranium lucidum; |
49) niidu-kuremõõk | Gladiolus imbricatus; |
50) kahar parthein | Glyceria lithuanica; |
51) lõhnav käoraamat | Gymnadenia odoratissima; |
52) hall soolmalts | Halimione pedunculata; |
53) harilik luuderohi | Hedera helix; |
54) harilik käokuld | Helichrysum arenarium; |
55) harilik muguljuur | Herminium monorchis; |
56) pehme mesihein | Holcus mollis; |
57) loim-vesipaunikas | Hydrocotyle vulgaris; |
58) mägi-naistepuna | Hypericum montanum; |
59) [kehtetu - RT I, 18.06.2014, 18 - jõust. 21.06.2014] |
60) võsu-liivsibul | Jovibarba sobolifera; |
60¹) rabaluga | Juncus stygius; |
| [RT I, 18.06.2014, 18 - jõust. 21.06.2014] |
61) tömbiõiene luga | Juncus subnodulosus; |
62) sale haguhein | Koeleria gracilis; |
63) must seahernes | Lathyrus niger; |
64) jõgi-metsriis | Leersia oryzoides; |
65) soohiilakas | Liparis loeselii; |
66) väike käopõll | Listera cordata; |
67) vesilobeelia | Lobelia dortmanna; |
68) harilik sookold | Lycopodiella inundata; |
69) ainulehine sookäpp | Malaxis monophyllos; |
70) harilik sookäpp | Malaxis paludosa; |
71) ida-võsalill | Moehringia lateriflora; |
72) siberi piimikas | Mulgedium sibiricum; |
73) vahelduvaõiene vesikuusk | Myriophyllum alterniflorum; |
74) vahelmine näkirohi | Najas marina subsp. intermedia; |
75) liiv-esparsett | Onobrychis arenaria; |
76) kärbesõis | Ophrys insectifera; |
77) jumalakäpp | Orchis mascula; |
78) arukäpp | Orchis morio; |
79) tõmmu käpp | Orchis ustulata; |
80) karvane lipphernes | Oxytropis pilosa; |
80¹) kuninga-kuuskjalg | Pedicularis sceptrum-carolinum; |
| [RT I, 18.06.2014, 18 - jõust. 21.06.2014] |
81) alpi võipätakas | Pinguicula alpina; |
82) austria roidputk | Pleurospermum austriacum; |
83) alpi nurmikas | Poa alpina; |
84) rand-kirburohi | Polygonum oxyspermum; |
85) juus-penikeel | Potamogeton trichoides; |
86) laukapuu | Prunus spinosa; |
87) palu-karukell | Pulsatilla patens; |
88) salutulikas | Ranunculus nemorosus; |
89) saaremaa robirohi | Rhinanthus osiliensis; |
90) tume nokkhein | Rhynchospora fusca; |
91) mesimurakas | Rubus arcticus; |
92) rand-kesakann | Sagina maritima; |
93) hanepaju | Salix repens; |
94) liht-randpung | Samolus valerandi; |
94¹) eesti soojumikas | Saussurea alpina subsp. Esthonica; |
| [RT I, 18.06.2014, 18 - jõust. 21.06.2014] |
95) kollane kivirik | Saxifraga hirculus; |
96) mustjas sepsikas | Schoenus nigricans; |
97) juurduv kõrkjas | Scirpus radicans; |
98) palu-põisrohi | Silene chlorantha; |
98¹) madal unilook | Sisymbrium supinum; |
| [RT I, 18.06.2014, 18 - jõust. 21.06.2014] |
99) tuhkpihlakas | Sorbus rupicola; |
100) lamedalehine jõgitakjas | Sparganium angustifolium; |
101) ujuv jõgitakjas | Sparganium gramineum; |
102) lääne-sõlmhein | Spergularia media; |
103) rand-soodahein | Suaeda maritima; |
104) püst-linalehik | Thesium ebracteatum; |
105) lamav ristik | Trifolium campestre; |
106) siberi koldkaer | Trisetum sibiricum; |
107) nõmm-mailane | Veronica dillenii; |
108) väikeseõieline hiirehernes | Vicia lathyroides; |
109) peenelehine hiirehernes | Vicia tenuifolia; |
110) kõrge kannike | Viola elatior; |
111) pisikannike | Viola pumila; |
112) laanekannike | Viola selkirkii. |
(4) II kaitsekategooria sammaltaimed (Bryota) on:
| 1) [kehtetu - RT I, 18.06.2014, 18 - jõust. 21.06.2014] |
2) kurruline tuhmik | Anomodon rugelii; |
3) õunjas bartraamia | Bartramia pomiformis; |
4) kolmehõlmaline batsaania | Bazzania trilobata; |
5) turd-lühikupar | Brachythecium turgidum; |
6) meri-pungsammal | Bryum marratii; |
7) vesi-tömptipp | Calliergon megalophyllum; |
8) mustpeasammal | Catoscopium nigritum; |
9) juus-kiilsirbik | Dichelyma capillaceum; |
10) vesi-kiilsirbik | Dichelyma falcatum; |
11) roheline kaksikhammas | Dicranum viride; |
12) könttanukas | Encalypta mutica; |
13) tamarisk-kariksammal | Frullania tamarisci; |
14) Perssoni lõhiksammal | Lophozia perssonii; |
15) kurdõhik | Neckera crispa; |
16) allika-vesitiivik | Octodiceras fontanum; |
17) põhja-roodik | Palustriella decipiens; |
18) Oederi põikkupar | Plagiopus oederi; |
19) lainjas põikkupar | Plagiothecium undulatum; |
20) [kehtetu - RT I, 18.06.2014, 18 - jõust. 21.06.2014] |
21) [kehtetu - RT I, 18.06.2014, 18 - jõust. 21.06.2014] |
22) sale katiksammal | Pterogonium gracile; |
23) kurdsammal | Rhytidium rugosum; |
24) sinisammal | Saelania glaucescens; |
24¹) meklenburgi timmia | Timmia megapolitana; |
| [RT I, 18.06.2014, 18 - jõust. 21.06.2014] |
25) jäik keerdsammal | Tortella rigens; |
26) suur sagarsammal | Tritomaria quinquedentata; |
27) tundra vesisirbik | Warnstorfia tundrae. |
| [RT I, 18.06.2014, 18 - jõust. 21.06.2014] |
§ 6. II kaitsekategooria seeneliigid
II kaitsekategooria seened (Fungi) on:
| 1) sireli-lambaseenik | Albatrellus syringae; |
2) lepa-kärbseseen | Amanita friabilis; |
3) lehise-õõspuravik | Boletinus cavipes; |
4) must hundiseenik | Boletopsis leucomelaena; |
5) punajalg-kivipuravik | Boletus erythropus; |
6) Fechtneri kivipuravik | Boletus fechtneri; |
7) mõru kivipuravik | Boletus radicans; |
8) kollane kivipuravik | Boletus suspectus; |
9) soo-maamuna | Bovista paludosa; |
10) lilla kukeseen | Cantharellus melanoxeros; |
11) säärissirmik | Chamaemyces fracidus; |
12) Bloxami punalehik | Entoloma bloxamii; |
13) liiv-maakeel | Geoglossum arenarium; |
14) purpur-maakeel | Geoglossum atropurpureum; |
15) ebe-limanutt | Hygrophorus chrysodon; |
16) tammepässik | Inonotus dryophilus; |
17) kuldpiimane riisikas | Lactarius chrysorrheus; |
18) roosa riisikas | Lactarius controversus; |
19) ripsriisikas | Lactarius mairei; |
20) värviline lehtervahelik | Leucopaxillus compactus; |
21) valge sirmik | Macrolepiota nympharum; |
22) kellukmürkel | Morchella semilibera; |
23) luiteliudik | Peziza ammophila; |
24) mugultorik | Polyporus tuberaster; |
25) kroonliudik | Sarcosphaera coronaria; |
| [RT I, 18.06.2014, 18 - jõust. 21.06.2014] |
26) kährikseen | Sparassis crispa; |
27) sellerheinik | Tricholoma apium. |
§ 7. II kaitsekategooria samblikuliigid
II kaitsekategooria samblikud (Lichens) on:
| 1) harilik tuustsamblik | Alectoria sarmentosa; |
2) nõel-narmassamblik | Bryoria furcellata; |
3) tera-mõhnsamblik | Bacidia biatorina; |
4) kirss-mõhnsamblik | Bacidia laurocerasi; |
5) kahvatu seensamblik | Baeomyces carneus; |
6) rohe-tilksamblik | Biatoridium monasteriense; |
7) näsa-kuldsamblik | Caloplaca verruculifera; |
8) oliiv-helksamblik | Cetrelia olivetorum; |
9) härma-varjusamblik | Chaenotheca cinerea; |
10) vask-porosamblik | Cladonia convoluta; |
11) sire-säärsamblik | Cybebe gracilenta; |
12) must limasamblik | Collema nigrescens; |
13) kollane virvesamblik | Dimerella lutea; |
14) harilik kitsesamblik | Flavoparmelia caperata; |
15) jalaka-kauss-samblik | Gyalecta ulmi; |
16) männi-soomussamblik | Hypocenomyce anthracophila; |
17) sõrmjas tardsamblik | Leptogium teretiusculum; |
18) karvane kruupsamblik | Micarea hedlundii; |
19) kääv-neersamblik | Nephroma resupinatum; |
20) külm purusamblik | Ochrolechia frigida; |
21) väike nõgisamblik | Parmeliella triptophylla; |
22) serva-kilpsamblik | Peltigera collina; |
23) hõbe-luulissamblik | Pyrenula laevigata; |
24) õli-luulissamblik | Pyrenula nitidella; |
25) ruske nuisamblik | Sclerophora coniophaea; |
26) sale nuisamblik | Sclerophora farinacea; |
| [RT I, 18.06.2014, 18 - jõust. 21.06.2014] |
27) võrk-nuisamblik | Sclerophora peronella; |
28) harilik lohksamblik | Solorina saccata; |
29) käsnjas lohksamblik | Solorina spongiosa; |
| [RT I, 18.06.2014, 18 - jõust. 21.06.2014] |
30) valge vahasamblik | Squamarina lentigera; |
31) loo-rebasesamblik | Vulpicida tubulosus; |
| [RT I, 18.06.2014, 18 - jõust. 21.06.2014] |
32) Mougeot’ koldsamblik | Xanthoparmelia mougeotii. |
| [RT I, 18.06.2014, 18 - jõust. 21.06.2014] |
§ 8. II kaitsekategooria loomaliigid
(1) II kaitsekategooria selgrootud loomad (Invertebrata) on:
| 1) apteegikaan | Hirudo medicinalis; |
2) paksukojaline jõekarp | Unio crassus; |
3) eremiitpõrnikas | Osmoderma eremita; |
4) väike-punalamesklane | Cucujus cinnaberinus; |
5) männisinelane | Boros schneideri; |
6) mustlaik-apollo | Parnassius mnemosyne. |
(2) II kaitsekategooria selgroogsed loomad (Vertebrata) on:
| 1) säga | Silurus glanis; |
2) tõugjas | Aspius aspius; |
3) harivesilik | Triturus cristatus; |
4) mudakonn | Pelobates fuscus; |
5) kivisisalik | Lacerta agilis; |
6) järvekaur | Gavia arctica; |
7) sarvikpütt | Podiceps auritus; |
8) hüüp | Botaurus stellaris; |
9) väikeluik | Cygnus columbianus; |
10) laululuik | Cygnus cygnus; |
11) soopart | Anas acuta (haudeasurkond); |
12) merivart | Aythya marila (haudeasurkond); |
13) kirjuhahk | Polysticta stelleri; |
14) väikekoskel | Mergus albellus; |
15) kanakull | Accipiter gentilis; |
16) metsis | Tetrao urogallus; |
17) väikehuik | Porzana parva; |
18) naaskelnokk | Recurvirostra avosetta; |
19) [kehtetu - RT I 2010, 69, 519 - jõust. 01.10.2010] |
20) mudanepp | Lymnocryptes minimus; |
21) rohunepp | Gallinago media; |
22) mustsaba-vigle | Limosa limosa; |
23) kivirullija | Arenaria interpres; |
24) väikekajakas | Larus minutus; |
25) tõmmukajakas | Larus fuscus; |
26) räusktiir | Sterna caspia; |
27) tutt-tiir | Sterna sandvicensis; |
28) alk | Alca torda; |
29) krüüsel | Cepphus grylle; |
30) [kehtetu - RT I 2010, 69, 519 - jõust. 01.10.2010] |
31) sooräts | Asio flammeus; |
32) karvasjalg-kakk | Aegolius funereus; |
33) jäälind | Alcedo atthis; |
34) roherähn | Picus viridis; |
35) valgeselg-kirjurähn | Dendrocopos leucotos; |
36) laanerähn | Picoides tridactylus; |
37) nõmmekiur | Anthus campestris; |
38) randkiur | Anthus petrosus; |
| [RT I, 18.06.2014, 18 - jõust. 21.06.2014] |
39) luha-sinirind | Luscinia svecica cyanecula; |
40) põldtsiitsitaja | Emberiza hortulana; |
41) veelendlane | Myotis daubentonii; |
| [RT I, 18.06.2014, 18 - jõust. 21.06.2014] |
42) tiigilendlane | Myotis dasycneme; |
43) tõmmulendlane | Myotis brandtii; |
44) habelendlane | Myotis mystacinus; |
45) Nattereri lendlane | Myotis nattereri; |
46) suurkõrv | Plecotus auritus; |
47) suurvidevlane | Nyctalus noctula; |
48) kääbus-nahkhiir | Pipistrellus pipistrellus; |
49) pargi-nahkhiir | Pipistrellus nathusii; |
49¹) pügmee-nahkhiir | Pipistrellus pygmaeus; |
| [RT I, 18.06.2014, 18 - jõust. 21.06.2014] |
50) suur-nahkhiir | Vespertilio murinus; |
51) põhja-nahkhiir | Eptesicus nilssonii; |
52) [kehtetu - RT I 2010, 69, 519 - jõust. 01.10.2010] |
53) viigerhüljes | Phoca hispida. |